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CAMEO 比賽簡介

由瑞士生物資訊研究所和巴塞爾大學聯合舉辦的全球持續蛋白質結構預測競賽 CAMEO (Continous Automated Model Evaluation)，與 CASP (Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) 並列為蛋白質結構預測領域的最重要的兩大權威競賽。CAMEO 競賽的得分和排名每週更新，每個參賽組每週需對約 20 個由權威結構生物學家最新破解出的蛋白質結構進行預測。該競賽自舉辦以來，吸引了來自世界範圍內眾多生物計算領域頂級實驗室和企業參加，包括清華大學、北京大學、穀歌、百度、騰訊和華為。

蛋白質結構預測的意義

蛋白質對於生命體至關重要，瞭解其空間結構可以促進對蛋白質功能的原理性理解。因此，根據氨基酸序列預測蛋白質結構一直以來是生物領域的核心任務之一，具有重大的生物學研究意義。DeepMind 開發的 AlphaFold2 採用 AI 技術，取得了與冷凍電子顯微鏡等實驗技術相當的精度水準，被稱作結構生物學“革命性”的突破、蛋白質研究領域的里程碑，因此被《Science》和《Nature》評為2021年度十大發現和突破。AlphaFold2 開啟了 AI+ 生命科學的新時代，但一切都處於起步階段，仍有許多挑戰性難題亟待解決。

ManiFold 簡介

由西湖大學李子青團隊開發的 ManiFold，致力於為蛋白質結構預測這一生命科學領域的關鍵性問題提供可拓展的系統化解決方案，是一個採用 AI 技術、集成結構生物學領域知識和高維資料流程形約束解決蛋白質結構預測的系統。ManiFold 融合了單序列蛋白質語言模型，減少了對同源序列資訊的依賴，增強了蛋白質序列編碼器的表徵能力；採用旋轉和平移等變約束增強了結構解碼器；進一步採用主鏈與側鏈反覆運算方式，優化預測結果。

在最近的三個月(2022.08.05 - 2022.10.29) ManiFold 蛋白質結構預測系統均表現優異，連續三個月的綜合表現位居全球第一名，參賽四個月多次取得月排名、周排名第一至第三的佳績。這證明了 ManiFold 系統的優越性和穩定性，也展示了開發團隊在 AI+ 蛋白質計算建模的實力。

研發團隊

西湖大學講席教授李子青負責的人工智慧研究與創新實驗室，致力於 AI 基礎方法和 AI for Science技術研究。CAMEO 參賽技術和系統，由鄭蔣濱、黃余飛、王戈、馬思騏等團隊成員研發。未來，團隊將繼續致力於研究新型 AI 方法，解決蛋白質結構、蛋白質設計和藥物研發等的前沿科學技術問題。

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